1、物理性刺激
过冷、过热的食物和饮料对我们的胃肠会有一定的刺激；摄入过多浓茶、咖啡、过于粗糙的食物也会刺激胃粘膜，引起炎症的发生。
2、化学性刺激
某些药物如水杨酸盐类、磺胺、某些抗生素等都会损伤胃肠黏膜，如果长期服用这些药物，会导致胃肠炎的发生；有毒的化学品，如砷、铅及各种杀虫剂等，如果误服，会引发胃肠炎。
3、细菌感染
进食被细菌污染的食物后可引起，也可因接触带菌者或饮用生水引起。
常见的病菌有大肠埃希菌、沙门菌等。
4、病毒感染
病毒感染也可以引发肠胃炎；
轮形病毒是引起儿童肠胃炎的最常见的病原体；
诺如病毒主要感染年长儿童和成人，可通过食物、水、患者呕吐物进入空气，以气溶胶形式传播，很容易引起暴发，是成人病毒性腹泻最常见病原体。
可以导致胃肠炎的病毒还有腺病毒、星状病毒等；
对于成人来说，病毒感染导致急性胃肠炎的比例远超其他病原体；寒冷季节的婴幼儿腹泻80%由病毒感染引起。
5、寄生虫感染
进食一些没有卫生保障的食物，或者生的鱼类或者生的海鲜，可能会引发肠胃炎。常见病原体有贾第虫、阿米巴、隐孢子虫等。
6、免疫力低下
大量饮酒、过度疲劳、着凉或者是精神刺激等原因，可以导致身体的防御功能降低，使得侵入肠道的细菌、病毒借此机会繁殖生长，自身免疫力无法与之抗衡，最终引起肠胃炎；在手术、严重创伤、感染并伴有休克等情况下，也可以引起肠胃炎的发作。